2026년 귀속 연말정산 의료비 세액공제는 근로자가 본인과 부양가족을 위해 2026년 1월부터 12월까지 쓴 의료비 중 총급여의 3%를 넘는 금액에 대해 15%를 세금에서 빼 주는 제도입니다. 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%, 난임시술비는 30%가 적용되고, 일반 부양가족 의료비만 연 700만 원 한도가 있습니다. 실손보험금으로 돌려받은 금액은 의료비에서 빼고 계산합니다. 이 글은 2026년 10월 19일 기준 소득세법 제59조의4와 같은 법 시행령 제118조의5 원문을 바탕으로 정리했습니다.
목차
총급여 3%를 넘어야 공제가 시작됩니다
의료비 세액공제는 쓴 돈 전부가 아니라 총급여의 3%를 넘는 부분부터 계산합니다. 총급여 5,000만 원이면 150만 원, 3,000만 원이면 90만 원까지는 공제가 없습니다. 여기서 총급여는 연봉에서 비과세 소득을 뺀 금액이라 실제 계약 연봉보다 조금 낮습니다.
3% 문턱은 가족 전체 의료비를 합쳐 한 번만 넘으면 됩니다. 그래서 맞벌이 부부는 총급여가 적은 쪽으로 의료비를 몰아야 문턱이 낮아지는 경우가 많습니다. 다만 의료비는 그 부양가족을 기본공제로 올린 사람만 공제받을 수 있으므로, 배우자 의료비를 내가 공제받으려면 배우자가 나의 기본공제대상자여야 합니다. 의료비 세액공제에서는 부양가족의 나이·소득 요건을 따지지 않는 점이 다른 공제와 다릅니다. 기본공제 요건 판단은 부양가족 자료제공동의 글에서 따로 다룹니다.
공제율과 한도는 누구의 의료비인지에 따라 갈립니다
소득세법 제59조의4제2항은 의료비를 네 묶음으로 나눕니다. 묶음마다 공제율과 한도가 다르고, 3% 문턱은 일반 부양가족 의료비에서 먼저 빠집니다.
아래 표는 2026년 10월 19일 기준 법령 원문입니다.
| 구분 | 대상 | 공제율 | 한도 |
|---|---|---|---|
| 일반 부양가족 | 아래 특정 대상이 아닌 기본공제대상자 | 15% | 연 700만 원 |
| 특정 대상 | 본인, 6세 이하, 65세 이상, 장애인, 산정특례 중증·희귀난치·결핵 환자 | 15% | 없음 |
| 미숙아·선천성이상아 | 모자보건법상 미숙아·선천성이상아 치료비 | 20% | 없음 |
| 난임시술 | 보조생식술 비용과 관련 처방 의약품 | 30% | 없음 |
6세 이하는 2026년 1월 1일 현재, 65세 이상은 2026년 12월 31일 현재 나이로 판단합니다. 많은 안내글이 한도 없는 대상에서 6세 이하 자녀를 빠뜨리는데, 법 조문에는 명시돼 있습니다.
3% 문턱이 빠지는 순서
총급여 3%는 일반 부양가족 의료비에서 먼저 뺍니다. 일반 부양가족 의료비가 3%에 못 미치면, 모자란 금액을 특정 대상 의료비에서 이어서 뺍니다. 그래도 남으면 미숙아·선천성이상아, 난임시술 순서로 뺍니다. 공제율이 높은 의료비가 문턱에 가장 늦게 깎이도록 짜여 있습니다.
- 예시 1: 총급여 5,000만 원(문턱 150만 원), 배우자 200만 원, 본인 100만 원, 70세 부모 400만 원을 썼다면 배우자분 50만 원과 본인·부모분 500만 원을 합한 550만 원의 15%인 82만 5천 원이 공제됩니다.
- 예시 2: 같은 조건에서 배우자 의료비가 100만 원뿐이라면 일반 부양가족분은 0원이 되고, 모자란 50만 원을 본인·부모분 500만 원에서 빼 450만 원의 15%인 67만 5천 원이 공제됩니다.
세액공제액은 결정세액을 넘을 수 없습니다. 낼 세금이 적은 근로자는 계산상 공제액이 커도 실제 환급은 그보다 적을 수 있습니다.
실손보험금으로 돌려받은 금액은 빼고 계산합니다
소득세법 시행령 제118조의5제1항은 공제 대상 의료비를 근로자가 직접 부담한 금액으로 정하고, 보험회사에서 받은 실손의료보험금은 제외한다고 적고 있습니다. 병원비 500만 원 중 300만 원을 실손보험으로 돌려받았다면 공제 계산에 넣는 금액은 200만 원입니다.
연말정산 간소화 서비스에는 보험회사가 제출한 실손보험금 수령액이 함께 표시되고, 간소화 자료를 그대로 쓰면 자동으로 차감됩니다. 주의할 부분은 진료와 보험금 수령 시점이 해를 넘기는 경우입니다. 2026년에 낸 병원비의 보험금을 2027년에 받았더라도 2026년 의료비에서 빼야 맞습니다. 이미 차감 없이 공제를 받았다면 수정신고로 바로잡아야 하고, 그렇지 않으면 나중에 과소신고로 추징될 수 있습니다.
회사가 사내 복지로 지원한 의료비도 근로자가 직접 부담한 금액이 아니므로 공제 대상이 아닙니다.
공제 대상 의료비와 제외되는 비용
공제되는 항목
- 의료법상 의료기관에 낸 진찰·치료·질병예방 비용(건강검진 포함)
- 약사법상 의약품 구입비(치료·요양 목적의 한약 포함)
- 장애인 보장구, 의사 처방에 따른 의료기기 구입·임차비
- 시력보정용 안경·콘택트렌즈: 1명당 연 50만 원까지
- 보청기 구입비
- 노인장기요양보험 본인부담금, 장애인활동지원급여 본인부담금
- 산후조리원 비용: 출산 1회당 200만 원까지(현행 시행령에는 총급여 요건이 없습니다)
공제되지 않는 항목
- 미용·성형수술 비용
- 건강증진을 위한 의약품(보약 등)과 건강기능식품
- 간병인에게 직접 지급한 간병비
- 국외 의료기관에 낸 진료비(국내 의료법상 의료기관이 아님)
- 실손보험금·회사 지원금으로 보전받은 금액
의료비를 신용카드로 결제했다면 카드 사용액으로도 그대로 잡혀 의료비 세액공제와 카드 소득공제를 함께 받을 수 있습니다. 결제수단별 계산은 신용카드 소득공제 글에서 이어서 볼 수 있습니다.
간소화에 빠진 의료비는 영수증으로 챙깁니다
연말정산 간소화 서비스는 의료기관과 약국이 낸 자료만 보여 줍니다. 다음 항목은 빠지거나 구분이 틀리는 일이 잦으니 직접 확인해야 합니다.
- 안경·콘택트렌즈: 안경점이 자료를 안 냈다면 사용자 이름과 시력교정용임이 적힌 영수증을 받습니다.
- 보청기·의료기기: 처방전과 판매 영수증을 함께 냅니다.
- 난임시술비: 간소화에서 일반 의료비로 잡혀 있으면 30% 공제율이 적용되지 않으므로 시술 병원에서 난임시술비 확인서를 받습니다.
- 미숙아·선천성이상아: 병원에서 해당 치료임을 확인받아야 20%가 적용됩니다.
- 장애인·산정특례자: 장애인증명서나 산정특례 등록 사실을 확인할 수 있는 서류가 필요합니다.
영수증을 모아 의료비지급명세서에 적어 회사에 내면 됩니다. 2월 정산 때 놓쳤다면 5월 종합소득세 확정신고나 5년 안의 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 간소화 확정 자료가 올라오는 시기는 2026년 귀속 연말정산 일정에서 확인할 수 있습니다. 다른 공제 항목은 2026년 귀속 연말정산 공제 항목별 정리에 모아 두었습니다.
자주 묻는 질문
부모님이 소득이 있어 기본공제를 못 받는데 의료비는 공제되나요?
의료비 세액공제는 부양가족의 나이·소득 요건을 따지지 않습니다. 다만 생계를 같이하는 직계존속이어야 하고, 형제 등 다른 사람이 이미 그 부모님을 기본공제로 올렸다면 그 사람만 공제받을 수 있습니다.
맞벌이 부부는 누가 의료비를 공제받는 게 유리한가요?
3% 문턱만 보면 총급여가 낮은 쪽이 유리합니다. 다만 낼 세금이 거의 없는 쪽이면 공제액을 다 쓰지 못하므로, 양쪽 결정세액을 미리보기로 비교해 보는 것이 정확합니다.
실손보험금을 다음 해에 받으면 어떻게 하나요?
보험금을 받은 해가 아니라 의료비를 낸 해의 의료비에서 뺍니다. 이미 빼지 않고 공제를 받았다면 수정신고로 바로잡아야 합니다.
산후조리원 비용은 연봉이 높아도 공제되나요?
현행 소득세법 시행령 제118조의5에는 총급여 요건 없이 출산 1회당 200만 원까지로 정해져 있습니다.
공식 출처: 소득세법 제59조의4(국가법령정보센터), 소득세법 시행령 제118조의5, 국세청 홈택스